عندما ينتهي مدير المشروع من أنشطة المرحلة الأولى ويقوم بتقييم نتائجها مع مجلس الإدارة من أجل ضمان عدم خروج أهداف المشروع ونطاقه عن أهداف المنظمة ونطاق نشاطاتها تبدأ المرحلة الثانية من حياة المشروع والتي تعتني بتخطيط المراحل التنفيذية للمشروع وتخطيط الموارد البشرية والمادية المطلوبة.
كما يقوم مدير المشروع بالتعاون مع الخبراء المختصين بجدولة نشاطات المشروع وإرتباطها مع بعضها البعض وتحديد الوقت اللازم لتنفيذ كل نشاط وينتج عن مرحلة التخطيط العديد من الخطط والتقارير نذكر منها:
· خطة وجدولة المشروع: تحتوي على المراحل الرئيسية لتنفيذ المشروع والنشاطات الفرعية في كل مرحلة ومن الممكن إستخدام مخططات نموذجية مثل مخطط غانت المعروف لجدولة المشاريع (GANTT Chart).
· تخطيط الموارد: يحتوي هذا التقرير الفرعي على معلومات عن الموارد البشرية المطلوبة والمهارات المنشودة كما يغطي التجهيزات المادية (أجهزة كمبيوتر، طاولات، إلخ..) والمعنوية (إجازات وترخيص، إلخ...).
· التخطيط المالي: تقرير فرعي يحتوي على كيفية تمويل المشروع وكيفية صرف الأموال على أتعاب الخبراء والموظفين والبرامج وغيرها.
· تخطيط الجودة: من المهم تحديد معايير الجودة لمنتج المشروع النهائي مسبقاً حتى يتمكن فريق العمل من الالتزام بها أثناء التنفيذ وهنا يأتي دور تقرير تخطيط الجودة والذي يحتوي على معايير الحد الأدنى المطلوبة كيفية قياس منتجات المشروع مع تلك المعايير والمقاييس.
· تخطيط المخاطر: يقوم مدير المشروع بالتعاون مع الخبراء بتحديد المخاطر المحتملة التي يمكن أن يواجهها المشروع والتالي رسم بدائل للسيناريوهات التي تواجهها المخاطر ومن المخاطر نذكر: غياب شخص أساسي في المشروع، تقليص ميزانية المشروع، عدم توفر مواد معينة وبرامج يحتاجها المشروع وغيرها.
· تخطيط الموافقة النهائية: يتطرق هذا التقرير إلى مبادئ الموافقة النهائية على منتجات المشروع من أجل إعتبار أن مدير المشروع وفريق عمله قد أنجزوا المطلوب منهم حسب الخطة الموضوعة سابقاً، ويحتوي هذا التقرير على كيفيات الفحص النهائي لمنتجات المشروع وكيفية التأكد من أنها تعمل وفقاً لمعايير مجلس الإدارة.
وخلال هذه المرحلة يتم تخطيط كيفية إدارة الاجتماعات الخاصة بالمشروع وأوقاتها وكيفية الاتصال بالأشخاص الأساسيين في المشروع وعناوينهم. وفي ختام المرحلة الثانية يقوم مدير المشروع بعرض كامل التقارير والخطط على مجلس الإدارة من أجل تقييمها وأخذ الموافقة للبدء في المرحلة الثالثة والتي تعتني بالتنفيذ.